Los hechos que se investigan ocurrieron en la vereda Vitoyó, municipio de Jambaló (Cauca), donde integrantes de una patrulla del Ejército sacó por la fuerza de su casa a Escué Zapata, cuyo cadáver fue encontrado posteriormente con impactos de arma de fuego.
Según la versión inicial suministrada por los uniformados, adscritos al Batallón San Mateo, cuando ellos conducían a Elcué Zapata (19 años) fueron atacados por un grupo ilegal y en el intercambio de disparos perdió la vida el indígena paez.
En esta nueva etapa del proceso el fiscal instructor afectó con la medida a: Francisco Javier Bedoya Aguirre, Jhon Harold Vélez Castaño, Marco Tulio Cañas Torres, Jhon Abadía Duque, Ramón Alberto Álvarez Bedoya, Jhon Jairo Cardona Rodríguez, Julo César Arce Montoya, Atanael López y Rubén Darío Aricapa García, quienes supuestamente incurrieron en los delitos de homicidio agravado, tortura, secuestro, hurto calificado y agravado, y daño en bien ajeno. Todas estas personas están privadas de la libertad.
En este proceso ya están condenados a 18 años de prisión Roberto Camacho Riaño, Jorge Alberto Navarro Devia y Evert Ospina Martínez, a quienes el Juzgado Segundo Penal del Circuito de Santander de Quilichao (Cauca) halló responsables de homicidio agravado. Para la época de los hechos Navarro Devia ostentaba el grado de teniente y Ospina y Camacho Riaño eran suboficiales.
En Octubre de 2002 la Comisión Interamericana de Derechos Humanos indicó que el caso debía ser conocido por fiscales de Derechos Humanos, quienes reconstruyeron el proceso y a finales de 2005 habían recaudado el material probatorio suficiente para adoptar las primeras decisiones.